Am Anfang der homöopathischen Behandlung muss erst einmal genau die zu behandelnde Krankheit, d.h. alle Abweichungen vom ideal gesunden Zustand, erfasst werden. Zumindest jedoch alle für die Krankheit charakteristischen Momente. Dies geschieht durch ausführliche Befragung des Patienten und ggf. der Angehörigen (Erstanamnese) und Untersuchung. Dabei können auch Sachverhalte oder Krankheiten der Vergangenheit wichtig sein oder Krankheiten der Blutsverwandten.
In einem zweiten Schritt muss der Behandler dann diese ganzen Informationen sichten und gegeneinander abwägen, da meist eine Gewichtung der Symptome und Informationen vorgenommen werden muss. Dann wird ein einzelnes homöopathisches Medikament gesucht, dass diese, zumindest die charakteristischen Momente der Krankheit in seinen, durch die Arzneiprüfungen ermittelten, Symptomenreihen möglichst genau abbildet. Das Charakteristische der Krankheit muss in möglichster Ähnlichkeit im Charakteristischen der Arzneikräfte vorhanden sein. Dieses ähnlichste Mittel ist dann das gesuchte Heilmittel, das dann als erstes homöopathisches Mittel gegeben wird.
Ist die Ähnlichkeit groß genug zwischen Heilmittel und Krankheit, so tritt eine Resonanz mit der Lebenskraft des Patienten auf und es setzen Heilvorgänge ein. Dabei können sich vorübergehend Symptome der Krankheit verstärken (Erstreaktion). Im Anschluss an eine Erstreaktion tritt bei noch heilbaren Krankheiten immer eine deutliche Besserung ein. Nicht immer ist es anfangs einfach, zwischen einer Verschlimmerung der Krankheit und einer (heilsamen) Erstreaktion zu unterscheiden. Bei chronischen Krankheiten kann es ein paar Tage bis wenige Wochen dauern, bis eine Reaktion der Lebenskraft deutlich wahrgenommen werden kann. Manchmal spielen sich die Heilvorgänge zunächst "im Untergrund" ab.
Nur durch die Befindensveränderung des Patienten oder Veränderung von sichtbaren, tastbaren (Pulsdiagnose) oder auch analysierbaren Symptomen (z.B. Blutwerte, Blutdruck, Augeninnendruck usw.) und Zeichen kann eine Arzneiwirkung erkannt werden. Dabei ist zunächst auch besonders auf das Allgemeinbefinden und Geist-Gemüt Wert zu legen. Diese Beobachtung des Heilverlaufs ist besonders wichtig und genau so schwierig wie das erste Ermitteln des momentan passendsten Heilmittels. Werden bei der Beurteilung des Heilverlaufes Fehler gemacht und z.B. eine beginnende Mittelwirkung des passendsten Heilmittels nicht erkannt, so kann die ganze homöopathische Kur dadurch verdorben werden, da dann das passende Mittel gegen ein unpassendes Mittel ersetzt wird und das passende Mittel auch in der nächsten Zeit, da vermeintlich unpassend, nicht mehr als Heilmittel bei diesem Patienten eingesetzt wird.
Ein zunächst passendes homöopathisches Medikament wirkt nur so lange, wie die Ähnlichkeit zwischen seiner Arzneikraft und der Krankheitssymptomatik noch groß genug ist. Durch die Heilwirkung verändert sich aber die Symptomengesamtheit und deswegen bleibt die Heilung stehen, so bald das ursprünglich passende Mittel zur nun bestehenden Symptomatik nicht mehr ähnlich genug ist. Dies muss erkannt werden und dann das momentan nicht mehr gut genug passende Arzneimittel gegen ein momentan am besten passendes anderes ersetzt werden. Dann geht die Heilung weiter voran. Bei chronischen Krankheiten ist es eher die Regel als die Ausnahme, dass im Heilverlauf mehrere bis zahlreiche homöopathische Medikamente gegeben werden müssen, aber immer nur nacheinander!
Nur in denjenigen Spezialfällen, wo sich bei chronischen Krankheiten fast exakt das ganze Charakteristische der Krankheit von Anfang an in einem Heilmittel widerspiegelt, kann auch die ganze Krankheit mit nur einem "Konstitutionsmittel" von Kopf bis Fuß geheilt werden, andernfalls sind, wie oben beschrieben, mehrere Mittel (nacheinander!) dazu nötig.